Audito paslaugas teikianti UAB „Nepriklausomas auditas" (2006 m. rugsėjo 26 d. sutartis) sistemingai tikrina, kaip yra panaudojamos projekto lėšos, ar projekto deklaruojamos patirtos išlaidos yra tinkamos finansuoti pagal paramos sutartį. Audito išvados bei audito ataskaitos apie faktinius pastebėjimus kas du mėnesius teikiamos ESF Agentūrai.